Schaalby ist durch die Ev.-Luth. Kirchengemeinde Brodersby-Kahleby-Moldenit geprägt, die als Mitglied der Nordkirche – der bundesweit jüngsten evangelischen Landeskirche – aktuell rund 1.650 Mitglieder umfasst. Zu ihr gehören die Dörfer Goltoft, Brodersby, Füsing, Geel, Geelbyholz, Kahleby, Klensby, Moldenit, Royum und Schaalby sowie die Kirchen in Brodersby, Kahleby und Moldenit.
In der Gemeinde Schaalby befinden sich zwei Kirchen. In Moldenit steht die aus dem 12. Jahrhundert stammende St. Jakobus Kirche. Die vermutlich ursprünglich als Kapelle dienende Feldsteinkirche thront auf einem Hügel und wird von mächtigen alten Lindenbäumen eingerahmt. Der erstmals 1586 erwähnte Kirchenturm wurde nachträglich angebaut und stammt in seiner jetzigen Konstruktion aus dem Jahr 1772. Im Inneren des romanischen Kirchenschiffes befindet sich ein Altaraufsatz mit Kreuzigungsszene, der 1682 vom Gründer des Gut Winning, Joachim Schmidt, gestiftet wurde. Die Orgel fertigte Johann Friedrich Haenel 1746 ursprünglich für die Kapelle des Schlosses Drage an.
Der Ortsteil Kahleby ist Standort der romantischen St. Marien Kirche. Die 1192 erstmals erwähnte Kirche besticht heute durch ihre einsame und wunderschöne Lage zwischen Füsing und Schaalby und ist landschaftsprägend für den Ortsteil. Damals gehörte die St. Marien Kirche zum Kloster Guldenholm am Langensee, später wurde sie dem Schleswiger St. Johannis-Kloster zugeordnet. Seit dem 19. Jahrhundert ist die Kirche unabhängig und schloss sich in den siebziger Jahren mit der Gemeinde Moldenit zusammen. Die ursprünglich romanische Kirche wurde im 13. Jahrhundert deutlich vergrößert und mit einem doppelten gotischen Kreuzrippengewölbe im Altar versehen. Der Kirchturm wurde 1855 bei einem erneuten Umbau ergänzt. Ein besonderer Blickfang und großartige Errungenschaft ist die Johann-Daniel-Busch-Orgel von 1784, die 1989 aufwendig restauriert wurde und nun zu den wichtigsten Barockorgeln Schleswig-Holsteins gehört.